A robbanás után Sydneynek és Dixonnak menekülnie kell. Sydney önmagát hibáztatja a CIA-ügynökök halála miatt, egyre többször fordul meg a fejében, hogy mindent elmond a társának, azonban Vaughn próbálja jobb belátásra bírni.

Francie még mindig attól tart, hogy Charlie szakítani akar vele, azonban a fiú csak azt mondja el Francienek, hogy énekesi karrierbe szeretne kezdeni, szó sincs szakításról.

Sydney nyomozásba kezd apja múltja után, azt hiszi, hogy Jack az oroszoknak kémkedett. Felkeresi egy volt FBI ügynök feleségét, akinek férje a kémkedések ügyében végzett nyomozást. Kiderül, hogy a férfi, Bentley Calder, nem más, mint aki Sydney édesanyjával együtt halt meg az autóbalesetben. Sydney úgy gondolja Calder üldözte Jacket, és Laura miatta halt meg. Sydney fel akarja jelenteni az apját, de Vaughn ezt nem hagyja.

Will tovább nyomoz Danny halálának ügyében, miután kiderítette, hogy Kate Jones igazi neve Eloise Kurtz ismét felkeresi a nőt. Eloise elmondja Willnek, hogy lefizették, hogy azt hazudja viszonya volt Dannyvel.

Az SD-6-nál Sloane bejelenti, hogy Jacket áthelyezik a Credit Dauphine-hez, vagyis ezen túl ’hivatalosan’ is az SD-6-nál fog dolgozni. Sydney és Dixon következő feladata, hogy megszerezzék az FTL kódoló gépét John Smythe-tól, amivel két üdvözlőlap tartalmát fejthetik meg.

Sydney elmondja az apjának mi mindent tudott meg róla, azonban nem ad lehetőséget rá, hogy Jack bármit meg tudjon magyarázni. Mindeközben Vaughn ellenőrizte Jacket, de egy ügynökség sem nyomoz utána és egyáltalán nem gyanús, azonban mindez nem győzi meg Sydneyt.

Vaughn közli Sydneyvel mi lesz a feladata Londonban, a kódolót most nem tudják ugyan kicserélni, de ha az SD-6 megfejti a kódot, akkor továbbküldi a többi ügynökségnek, így a CIA le tudja majd nyomozni.

Londonban Sydney és Dixon megszerzi a gépet, a visszatérés után Sydney, Will és Francie Charlie első fellépésére készülnek, mely hatalmas sikerrel zárul.

Az SD-6-nál miután megvizsgálták a kódolót, kiderül, hogy Gareth Farkasov DNS-ére lenne szükség ahhoz, hogy dekódolni tudják az üdvözlőlapokat. Farkasovot azonban megölték és senki sem tudja, hogy hol a sírja.

Sydney következő feladata, hogy megtudja Martin Shepard-től, Farkasov gyilkosától, hogy hova temette el a férfit. Shepard tudatalattiját azonban módosították és egy bizonyos mondat hallatán bármit megtesz, akár gyilkol is, ha újra hallja akkor minden tettének emléke törlődik. Shepard bevonult egy bukaresti elmegyógyintézetbe; Sydney ezúttal Fisher ügynökkel fog dolgozni. Sydney betegként vonul be a kórházba, Fisher pedig mint az orvosa, Sydneynek így kell kapcsolatba kerülnie Sheparddel, azonban nem sejti, hogy a K-Direktorátus ügynöke is ott van, mint igazgató.

Will újra elmegy Eloise-hoz, de a nő eltűnt. Mindeközben Vaughn elbúcsúztatja a Badenweilerben meghalt CIA-ügynököket.

Marshall felfedezi, hogy az SD-6 szerveréről valaki minden adatot letölt, Sloane rögtön intézkedik, úgy véli, hogy kém működik az ügynökségnél.

Bukarestben Sydney megpróbál közel férkőzni Shepardhöz, sikertelenül. Fisher ügynök és Sydney is lebukik. Sydneyt elfogják, de menekülni próbál és Fisher keresésére indul, azonban már csak a holttestét találja meg…